Przykładowe pytania egzaminacyjne z Bioinformatyki
Wydział Fizyki, UAM,
Zamieszczone poniżej pytania nie wymagają, na ogół, odpowiedzi dłuższych niż 1-2 zdania.
Odpowiedź może zawierać opisany rysunek lub schemat.
Zakres pytań nie wykracza poza treść wykładów.
Źródła uzupełniające:
- „Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek.” A.D. Baxevanis, B.F.F.
Quellette, PWN, 2005 - „Bioinformatyka i ewolucja molekularna.” P.G. Higgs, T.K. Attwood, PWN, 2008
- „Biochemia” J.M.Berg, J.L. Tymoczko, L.Stryer, PWN,2005
Pytania mają różną wagę.
1. (Narysuj) Opisz schemat struktury aminokwasu białkowego.
2. Co to jest chiralność?
3. Aminokwasy mogą występować w konfiguracji L lub D. Jakiego rodzaju aminokwasy
występują w białkach?
4. Co to jest struktura pierwszorzędowa białka?
5. Podaj definicję struktury drugorzędowej; wymień i opisz jej elementy.
6. Co to jest struktura trzeciorzędowa białka?
7. Co to jest struktura czwartorzędowa białka?
8. Miedzy jakimi atomami aminokwasów powstaje wiązanie peptydowe?
9. Co to jest N-koniec łańcucha peptydowego?
10. Co to jest kąt torsyjny?
11. Wiązanie peptydowe może przyjąć dwie konformacje. Która z nich występuje w
białkach?
12. Co przedstawia wykres Ramachandrana?
13. Jakie rodzaju oddziaływania stabilizują strukturę białek?
14. Ile i jakie nukleotydy wchodzą w skład budowy DNA?
15. Co to jest nić komplementarna DNA?
16. Nić DNA ma kierunek. Jak nazywa się jej początek i koniec?
17. Czym różni się gen od genomu?
18. Co to jest ramka odczytu?
19. Co to jest intron?
20. Ile trój-literowych kodonów można utworzyć z 4 nukleotydów?
21. Na czym polega degeneracja kodu genetycznego? Co to jest kodon?
22. Na czym może polegać mutacja DNA?
23. GenBank, EMBL, DDBJ, TrEMBL, PIR. Które z wymienionych baz danych
goromadzą informacje o genach a które o białkach?
24. (DotPlot) Jaką informację można uzyskać porównując sekwencję samą do siebie?
25. Jak jest różnica między dopasowaniem lokalnym a globalnym sekwencji?
26. Jakie znasz metody heurystyczne dopasowania sekwencji?
27. Jaka jest różnica między algorytmem Needelmana-Wunscha a Smitha-Watermana?
28. Jaka jest różnica między afinicznym a nieafinicznym punktowaniem przerw?
29. Wymień znane Ci macierze (tablice) substytucji.
30. Jakie parametry bierze się pod uwagę oceniając jakość dopasowania dwóch
sekwencji?
31. Jaka jest różnica między BLASTn, BLASTp a BLASTx?
32. Czy PSI-BLAST różni się od „zwykłego” BLAST?
33. Co to jest PSSM (Position Specific Score Matrix)?
34. Do czego służy program CLUSTAL W?
35. Co to jest Pfam i SMART?
36. W MSA (zestawienie wielosekwencyjne) otrzymuje się profil porównywanych
sekwencji. Czy można porównać nową sekwencję z takim profilem?
37. Jakie parametry bierze się pod uwagę oceniając dopasowanie wielosekwencyjne
(punktacja)?
38. Co oznacza symbol „X(5)” w zapisie wzorca w formacie Prosite?
39. Co oznacza symbol „{AGL}” w zapisie wzorca w formacie Prosite?
40. Co oznacza symbol „[FY]” w zapisie wzorca w formacie Prosite?
41. Co to jest PDB?
42. Jaki procent identycznych aminokwasów wymagany jest by uznać dwa białka z
homologiczne?
43. Do czego służy program GOR?
44. Co to jest amfifilowość?
45. Co to jest JPred?
46. Co to jest drzewo filogenetyczne?
47. Czym różni się podobieństwo od homologii?
48. Jaka jest różnica między paralogami a ortologami?
49. Jaka jest różnica między homologami a analogami?
50. Co to jest modelowanie porównawcze (homology modeling?)
51. Białka o podobnej sekwencji mają podobna strukturę. Czy mogą istnieć podobne
struktury dla różnych sekwencji?
52. Jakich narzędzi można użyć, szukając homologów o znanej strukturze?
53. Czy można użyć jako wzorca do modelowania strukturę białka o innej sekwencji?
(krótko uzasadnij odpowiedź)
54. Co to są metody ab initio?
55. Jakie jest podstawowe założenie metod ab initio?
56. Jakiego rodzaju oddziaływania uwzględnia się w modelowaniu ab initio?
57. Których aminokwasów nie należy spodziewać się na powierzchni białka
(naładowanych, polarnych, aromatycznych, alifatycznych)?
58. Czy różni się modelowanie za pomocą metod dynamiki molekularnej od metod Monte
Carlo?
59. W jaki sposób mierzy się zgodność modelu ze strukturą natywną? (jakie parametry?)
60. Jakie znasz serwery/metaserwery lub serwisy wspomagające modelowanie
homologiczne i/lub ab initio?
61. Które oddziaływani są silniejsze Van der Waalsa czy wodorowe?