Moduł kształcenia

BIOINFORMATYKA

Kod modułu: BINF (04-B-BINF60-132)
Rodzaj modułu: obowiązkowy dla ścieżki kształcenia Biofizyka strukturalna (na poziomie podstawowym), fakultatywny dla pozostałych ścieżek kształcenia

Wykład

Środa 14:15 – 15:45,sala 60

Ćwiczenia

grupa 1: Środa 12:30 – 14:40,sala 60
grupa 2: …

Forma zalicznia:

• Wykład: egzamin pisemny (28 pytań z listy) – 100%
• Ćwiczenia: kolokwium I – 20%, kolokwium II – 80%
• Moduł: ocena z egzaminu (30%), ocena z ćwiczeń 70%

Termin: ???

lista zagadnień

• 1. Budowa aminokwasów, struktura białek, klasyfikacja struktur
• 2. Budowa kwasów nukleinowych, kod genetyczny, przepływ informacji genetycznej
• 3. Rodzaje mutacji, ewolucja, filogenetyka
• 4. Przegląd baz danych, formaty danych
• 5. Porównywanie sekwencji, rodzaje zestawień, narzędzia, DotPlot
• 6. Dynamiczne porównywanie sekwencji, algorytm, macierze substytucji, kary za przerwy.
• 7. Statystyczna ocena dopasowania sekwencji
• 8. Metody heurystyczne porównywania sekwencji, FASTA, BLAST
• 9. PSI-BLAST
• 10. Zestawienia wielosekwencyjne, wzorce, profile, drzewa filogenetyczne
• 11. Przewidywanie struktury II-rzedowej
• 12. Przewidywanie struktury III-rzedowej
• 13. Metody ab initio
• 14. Analiza sekwencji białek rakowych
• 15. Projektowanie leków (in silico)

Zalecana literatura

• Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, A.D. Baxevanis, B.F.F. Quellette, PWN, 2005
• Podstawy bioinformatyki,J in Xiong,WUW, 2009
• Bioinformatyka i ewolucja molekularna, P.G. Higgs, T.K. Attwood, PWN, 2008

Materiały

RasMol – krótka ściąga po polsku (pdf)

RasMol  – instrucja po polsku (pdf)

Przykładowe zadania

Wizualizacja w RasMolu (link)

Modelowanie porównawcze (link)

Pytania egzaminacyjne (link)