Rasmol – wizualizacja

RasMol – krótka ściąga po polsku (pdf)

RasMol  – instrukcja po polsku (pdf)

Przykładowe zadania z wizualizacji cząsteczek biologicznych za pomocą Rasmola

  • c
  • d

Zadania 2018


5OL4.PDB, TRUDNY

  • tło: szare

  • łańcuchy białkowe: trace+trace

  • kolor modeli: niebieski, zielony i żółty

  • LIGANDY

    • SULFATE ION: Ball and Stick, kolor CPK

    • Phosphoramidothioic O,O-acid: kulki 2A, kolor pomaranczowy

    • ethane-1,2-diol: Stick, kolor CPK

    • NICKEL (II) ION: kulki 2A, kolor czerwony


  • woda wokół modelu 3: dots, kolor jasnoniebieski

5XEO.PDB

  • tło: cyjan

  • białko: cartoon

  • białko: łancuch A -jasnoniebieski, B - niebieski

  • CALCIUM ION: spacefill, kolor czerwony

  • ACETATE ION:ball and sticks, kolor zielony

  • DI(HYDROXYETHYL)ETHER: ball and sticks, kolor CPK

  • PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE: stick, kolor żółty

  • woda wokół łancucha B: dots, kolor Green Blue

  • grupy boczne aminokwasów łańcucha A 6.0A wokół PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE: wireframe AND Dots, kolor żółty
5EP0.PDB

  • tło: jasnoszare

  • łańcuch białkowy: cartoon

  • kolor: gradient od N- do C-końca

  • jony siarczkowe: Ball&Stick

  • kolor: CPK

  • glikol etylenowy: Ball&Stick

  • kolor: zielony

  • wszyskie łańcuchy boczne w promieniu 7.0A od jonów siarczowych: wireframe, dots

    • hydrofobowe: kolor czerwony

    • niehydrofobowe: kolor żółty


  • woda w odległosci do 3A od białka: kuleczki

  • kolor: cyan
4ZEG.PDB

  • Tło: "morska zieleń"

  • białko

    • strktura: cartoon

    • kolor: gradinet od N- do C- końca


  • Inhibitor(pyrazolopyrimine)

    • ball&stick

    • kolor: CPK


  • 1,2-Ethanediol

    • kuleczki, 1A

    • kolor: żółty


  • dihydroxyethyl ether
    • czerwone ball&stiks

  • glicerol

    • spacefill

    • kolor: CPK


  • 6.0A od inhibitora

    • grupy boczne aminokwasów hydrofobowych: pomarańczowe kulki

    • grupy boczne aminokwasów hydrofilowych: purpurowe kulki


  • woda: jasnoniebieskie kropki
6BSI.PDB

  • tło: białe

  • łańcuch białkowy: cartoon

  • kolor: gradient od N- do C-końca

  • łańcuch DNA: sticks, kolor CPK

  • Efavirenz: ball and sticks, kolor żółty

  • GLYCEROL: kulki 1.5A, kolor czerwony

  • CALCIUM ION:kulki 3.0A, kolor pomarańczowy

Zadania 2017

5D8F

  • tło: SeaGreen

  • łańcuchy białkowe: cartoon

  • kolor: niebieski - łańcuch A

  • kolor: zielony - łańcuch B

  • glikol etylenowy: Ball&Stick

  • kolor: CPK

  • DNA: Stick

  • kolor: CPK

  • wszysko w promieniu 6.0A od DNA: wireframe, dots

    • hydrofobowe łańcuchy boczne: kolor żółty

    • polarne łańcuchy boczne: kolor BlueTint

    • dodatnie łańcuchy boczne: kolor czerwony


  • woda: czerwone kuleczki
5SZX.PDB

  • tło: białe

  • białko:

    • cartoon

    • kolorowanie według łańcuchów


  • jon fosforanowy: spacefill, kolor: CPK

  • 5CM: ball&sticks

  • color 5CM z łańcucha C: Violet

  • color 5CM z łańcucha D: Orange

  • DNA:

  • puryny: żółte, sticks

  • pirymidyny: czerwone, sticks

  • łańcuch szkieletowy: zielony i niebieski trace

  • woda: czerwony dots
5VB8.PDB(Biological assembly w formacie .gz)

  • tło: BlueTint

  • białko: trace, kolor - z gradientem

  • jon Na+: żółta kóleczka o r=3.0 A

  • jon SO4-: spacefill, kolor CPK

  • fosfatocholina: sticks, kolor CPK

5X6G.PDB

  • tło: Orange

  • białko: cartoon

  • kolor - gradient

  • DNA: ball&stick

  • color CPK

  • zielony trace

  • jon cynku: 3.0A żółta kulka

Zadania 2016

5EP0.PDB

  • tło: jasnoszare

  • łańcuch białkowy:

    • cartoon

    • kolor: gradient od N- do C-końca


  • jony siarczkowe: Ball&Stick, kolor: CPK

  • glikol etylenowy: Ball&Stick, kolor: zielony

  • wszystkie łańcuchy boczne w promieniu 7.0A od jonów siarczowych:

    • wireframe, dots

    • hydrofobowe: kolor czerwony

    • niehydrofobowe: kolor żółty


  • woda w odległoœci do 3A od białka: kuleczki, kolor: cyan

5i83.PDB

  • tło: białe

  • pętle i zwroty:szary trace

  • helisy: ciemnożółty cartoon

  • bezodiazepina: Ball&Stick, kolor: CPK

  • siarkocyjanek (rodanek): żółte kuli

  • wszyskie łańcuchy boczne w promieniu 6.0A od benzodiazepiny: wireframe

    • naładowane - kolor czerwony

    • polarne, nienaładowane - kolor niebieski

    • hydrofobowe - kolor żółty

    • wszystkie: dots


  • wszyskie łańcuchy boczne w promieniu 7.0A od siarkocyjanku: Ball&Stick
    kolor: CPK