Kolokwium zaliczeniowe z modelowania homologicznego

Z podanych poniżej sekwencji należy wybrać jedną i zaproponować dla niej model struktury przestrzennej.
Wymagane czynności:

zidentyfikować sekwencję, określić jej funkcje, budowę domenową, żródło (organizm)
znalezienie wzorca strukturalnego (kod PDB)
zestawienie wielosekwencyjne z członkami rodziny sekwencji
ręczne poprawienie alignmentu w SwissPDB Viewerze
zaproponowanie modelu cząsteczki zapisana w postaci projektu SwissPDBViewer (wzorzec, model, alignment)
ew. minimalizacja energii

A wynik modelowania w postaci Projektu SwissPDBViewer oraz plik z zestawieniem wielosekwencyjnym.
proszę wysłać na adres: ewas@amu.edu.pl

łatwa
Seq01
>seq01, xxx aa
MASDYQNAEKTTLPYAIDLVKQSGVASSAGPLTILDQACGTGVVAVALHDALRNFEKNWRLTCTDVSTSMVT AVQERIQKNGWENTDAAVSDVLKTGFPDNQYTHVFGAFIFMALPDSQAALDEALRILKPGGTIGILCWGSFG WIDHVNAVAALLGNLPQISTEEFMRAIGDGRWEDPTWIETQFRNRGLIEVQLTSVGKTISQGISEFSTLMKV PLDFIMSRFWTETQRQQSGARFVPALAQYLEDLYGKGNEMEIDSLGIIATGRVPC

Trudniejsza na ocenę dobrą
Seq02, xxx aa
>SEQ02, 307 residues
MTQIDYLQKMFQTKEFTDRYKYSEKLTGLYAQTLVEYSGVANPSQKPLVVLDNACGIGAVSSVLNRTLDD EAKKLWKLTCGDLSEGMLEHTKQRLEDEGWVNAETKVVDALNTGLPDAHYTHVFVSFGFQSFPDANAALK VLQNSRFRRYTRKLNMAEVYVTLSTFPFKNKHSLTSAMTVTWVPIMKAAIETMPGNLPFPTHEEFLAFHS TGWDSASYIQSELEKVGFRDVKVTAVPKEKSLPIDEFVEVCTMITPYVLSKVWTQEQRELHEKDVPMVLR RYLEDNYGASGQVPVEAVALITTALKP

Trudniejsza na ocenę bardzo dobrą
SEQ3
>Seq03, xxx residues
MGPDALTTSKPKQCSEAIWKDPEVVEGYRSAEKVTIAFARSLVEQSGILSIRNEEEPLSILDNACGTGAV SAVLHEMLPDWKTKCKWTLTCADLSEAMINVVKEKIEAEGWENTDAAVVDMQETGLPANSYTHVFAAFEC LRILRPGGTLAFTTWKKTGWSEDINAVIATMAPDLPQPTSDEFLMSLGSGDEWHNPTWVEDQLQKRRLED IQVRLVQMTMATSNQSEIMPALGPIMSHIPARFWNEELREKYGPGFASAVSDYFTSTYGVDRLIPMNWIA IVATATKPAGMTH

Trudniejsza na ocenę dobrą
SEQ4
>Seq04, xxx residues
MASSFATSFAVAETGRCSLNCDYSSSVHCFRDQVRFFGKSCRRIKPLVYLYSSSPRCEVSVVEKESNVSG LEVLKTSDRYINMSSNIMVIGLNIHTAPVELREKVSIPESEWPQAIRELCSLNHIEEAAVLSTCNRIEIY VVALSKNRGIKEVTEWMCKYSGVSVTELREHRFLLYNKDATQHLFEVAAGLDSLVLGEGQILAQVKQVVK NGQGERVPGFGRKISELFKHAITAGKRVRTDTNISSGSVSVSSAAVELALLKHIPDSSSTSPRVLIVGAG KMGKLVIGHLIAKGCKEMVVVNRTADRVAAIREELNTDNAGVIIEYKPFSEMLSCAAQADVIFTCTASKD PLFVKESVQAALRCVNSSRSRLFIDISVPRNVESSVSELEGACIYNVDNLNEVVEANKEDRLRKKKEAEV IIAEEVKKFEALKDSLETVPTIKKLRACAERIRAAEVEKCLSKIGDDDLSENNKNAIYDLSLAIINKMLH GPMKHLKCDGTQNRNLSDILENMHALNRIFDLDTEMDDKLQAKLQENQKQSS