Kolokwium zaliczeniowe z modelowania homologicznego

Do z podanych poniżej sekwencji należy wybrać jedną i zaproponować dla niej model struktury przestrzennej.
Wymagane czynności:

znalezienie wzorca strukturalnego (kod PDB)
zestawienie wielosekwencyjne z członkami rodziny sekwencji
ręczne poprawienie alignmentu w SwissPDB Viewerze
zaproponowanie modelu cząsteczki zapisana w postaci projektu SwissPDBViewer (wzorzec, model, alignment)

A wynik modelowania w postaci Projektu SwissPDBViewer oraz plik z zestawieniem wielosekwencyjnym.
proszę wysłać na adres: ewas@amu.edu.pl

bardzo łatwy (na dostateczny)
Seq01
>seq01, xxx aa
LAEVDPDLFDIIEKEKNRQFKGLELIPSENFVSASVMEAVGSVMTNKYSEGYPGARYYGG NEFIDQAERLCQERALKAFHLDPAQWGVNVQSLSGSPSNFQVYTALLQPHDRIMALDLPH GGHLSHGYQTDTKKISATSIYFEQMPYRLNEETGLIDYDMLEKTAVLFRPKLIVAGASAY TRHYDYARMRAIADKVGAWLLADMAHISGLVAADLVPSPFGFADVVTTTTHKSLRGPRGA MIFYRKGVRRTDAKTGKPINYDIEDKINFAVFPGLQGGPHNHTIAGLACALKQAATPEFK SYQQQVLSNSQALAGALAKRGFKLVSGGTDNHIVLVDLRPKGVDGSRVERVLELAHIAAN KNTVPGDVSALVPGGLRMGSPALTSRGFVEKDFEQVAEFVDRAVNIAVDLKKKYPKLKEF REAMAKESTPDINALKKDVETFAMRFPTIGFDKAAMRYKN

Trudniejsza na ocenę dobrą
Seq02, xxx aa
>SEQ02, xxx residues
FVDPPLSEIDPDVHAIIECEKRRQFRGLELIASENFTSRAVMEAVGSCLTNKYSEGLPGK RYYGGNEYIDQSERLCQQRALTAFHVDEKEWGVNVQPLSGSPANFAVYTALLQPHDRIMG LDLAHGGHLTHGFMTPKRRVSATSVYFESMPYRLNETTGLVDYDILQQTALLFRPKLIIA GASAYARDFDYPRMRKIADSVGAFLMMDMAHISGLVAAGVLSNPFEYCDVVTTTTHKSLR GPRGGMIFYRKGEVNGIDLENAINNAVFPGLQGGPHNHTIGGLAVCLKQAATPEFKTYQQ QVVKNCRALADRLMELGYKLVSGGTDNHLVLVDLRPMGADGARAEKVLDLASITLNKNSV PGDKSAINPGGVRIGSPALTTRGLGEAEFVKVANFIHEGIQITVKAKETCPGTKIKDFLE YVESESCEQRGAILDLRKRVEAFATQYPIPGVGTESLSQH

Trudniejsza na ocenę dobrą
SEQ3
>Seq03, xxx residues
MKKFVVGLSSLVLATSSFAGGGWSYHGEHGPEHWGDLKDEYIMCKIGKNQSPVDINRIVD AKLKPIKIEYRAGATKVLNNGHTIKVSYEPGSYIVVDGIKFELKQFHFHAPSEHKLKGQH YPFEAHFVHADKHGNLAVIGVFFKEGRENPILEKIWKVMPENAGEEVKLAHKINAEDLLP KDRDYYRYSGSLTTPPCSEGVRWIVMEEEMEMSKEQIEKFRKIMGGDTNRPVQPLNARMI MEK

Trudniejsza na ocenę dobrą
SEQ4
>Seq04, xxx residues
MHRARLLVVVVTAVVTLLLLAPAAGAEEDDQFGYIPGTPRGPENWGSLKPEWATCSSGEM QSPINLGLLDLTLAPGLGDLNYTYRNANATVVNRGHDIMVRFDGGDDAAAAGGLVINGTA YRLRQVHWHAPSEHAVDGRRYDMELHMVHLNTQNQTAVVGILYAIGAQDEFLHKLEPYII EVADQKDKEKIVNGGVDPNVAKEHDIVYYRYMGSLTTPPCTEGVIWTIVRKVHTVSLSQL ALLKAAVVNGNEKNARPLQDVNNRNIGLFIPLPLINV

Trudniejsza na ocenę bardzo dobrą
SEQ5
>Seq05, xxx residues
MANFVLHVPVNLRCFTVSASSSSNGAPPGGSGSGGGGGPVIVELPLDKIRRPLLRTRTND PNKVQQLMDSISEIGLQVPIDVLEVDGAYYGFSGCHRYEAHQRLGLPTIRCKIRRGTKET LRHHMR