Kolokwium zaliczeniowe z modelowania molekularnego

Do z podanych poniżej sekwencji należy wybrać jedną i zaproponować dla niej model struktury przestrzennej.
Wymagane czynności:

znalezienie wzorca strukturalnego (kod PDB)
zestawienie wielosekwencyjne z członkami rodziny sekwencji
ręczne poprawienie alignmentu w SwissPDB Viewerze
zaproponowanie modelu cząsteczki zapisana w postaci projektu SwissPDBViewer (wzorzec, model, alignment)

A wynik modelowania w postaci Projektu SwissPDBViewer oraz plik z zestawieniem wielosekwencyjnym.
proszę wysłać na adres: ewas@amu.edu.pl

bardzo łatwy
T0682
>T0682 MED12BPR, , 235 residues
MGEILAVDDYVGISFWLAAAIMLASTVFFFVERSDVPVKWKTSLTVAGLVTGVAFWHYLY MRGVWIYAGETPTVFRYIDWLITVPLQIIEFYLIIAAVTAISSAVFWKLLIASLVMLIGG FIGEAGLGDVVVWWIVGMIAWLYIIYEIFLGETAKANAGSGNAASQQAFNTIKWIVTVGW AIYPIGYAWGYFGDGLNEDALNIVYNLADLINKAAFGLAIWAAAMKDKETSTSHA

T0647
>T0647 HR5514A, , 157 residues
MTERLSAEQIKEYKGVFEMFDEEGNGEVKTGELEWLMSLLGINPTKSELASMAKDVDRDN KGFFFNCDGFLALMGVYHEKAQNQESELRAAFRVFDKEGKGYIDWNTLKYVLMNAGEPLN EVEAEQMMKEADKDGDRTIDYEEFVAMMTGESFKLIQ

Średnie
T0644
>T0644 GS13193H, , 166 residues
MKFLKFSLLTAVLLSVVFAFSSCGDDDDTGYLPPSQAIQDALKKLYPNATAIKWEQKGVY YVADCQADGREKEVWFDANANWLMTETELNSINNLPPAVLTAFMESSYNNWVVDDVVILE YPNEPSTEFVVTVEQGKKVDLYFSEGGGLLHEKDVTNGDDTHWPRV

T0661
>T0661 PpR99, , 215 residues
MISILRRGLLVLLAAFPLLALAVQTPHEVVQSTTNELLGDLKANKEQYKSNPNAFYDSLN RILGPVVDADGISRSIMTVKYSRKATPEQMQRFQENFKRSLMQFYGNALLEYNNQGITVD PAKADDGKRASVGMKVTGNNGAVYPVQYTLENIGGEWKVRNVIVNGINIGKLFRDQFADA MQRNGNDLDKTIDGWAGEVAKAKQAADNSPEKSVK

trudny
T0655
>T0655 MiR12, , 182 residues
MASGQATERALGRRTIPAGEARSIIIRQRYDAPVDEVWSACTDPNRINRWFIEPKGDLRE GGNFALQGNASGDILRCEPPRRLTISWVYEGKPDSEVELRLSEEGDGTLLELEHATTSEQ MLVEVGVGWEMALDFLGMFIRGDLPGGPVPEDAAEEFEPSPEMMRISQERGEAWAALVHS GS